Í eyjunni er sérkennilegt náttúrufyrirbæri sem er stór hellir, sem skiptist í tvo minni hella, þann ytri og þann innri. Fremri hellirinn er áætlaður um 3200 m² og sá innri 2600 m². Hellirinn er talinn vera um 125 metra langur, 85 metra breiður og mesta hæð hans er 22 metrar. Í hellinum er lundavarp. Fyrr á tímum var róið úr Skrúðnum og þá höfðust vermenn við í Skrúðshelli.

Þann 26. desember 1986 fórst tankskipið Syneta við Skrúðinn og létust allir skipverjar. Bubbi Morthens hefur sungið eigið ljóð um þetta sjóslys.